華為Mate40搭載的是麒麟9000E 5G SoC。這款芯片為5nm工藝打造，將處理器和5G基帶融于一體，在性能、能效以及晶體管密度上擁有先天優(yōu)勢，帶來速度更快、發(fā)熱更低和能效比更強的運行表現(xiàn)。

5G SoC已經(jīng)邁入5nm時代，不過目前市面上搭載5nm移動芯片的智能手機并不多，在Mate40系列發(fā)布會上，華為正式發(fā)布了麒麟9000和麒麟9000E SoC 5G芯片，均采用了5nm工藝，其中麒麟9000E由Mate40首發(fā)。

核心架構(gòu)方面，麒麟9000E CPU部分采用的是1個超大核+3個大核+4個小核的三檔能效架構(gòu)，最高主頻可達(dá)3.13GHz，麒麟9000E采用了1 x Cortex-A77 Based 3.13 GHz + 3 x Cortex-A77 Based 2.54 GHz + 4 x Cortex-A55 Based 2.05 GHz，與麒麟9000一致。

GPU方面為22核心的Mali-G78GPU，比麒麟9000少了兩顆，NPU方面為1大核+1小核，大核比麒麟9000少了一枚。其余方面保持不變，雖然后綴帶「E」，但實際上麒麟9000和麒麟9000E的規(guī)格差距非常小，這種差距在日常使用中基本感知不到。